FUNPEP: Information system for "low complexity sequence regions".

Copyright (C) 1999, FUNPEP.

Multiple sequence alingment results for transthyretin sequences from SWISSPROT.

TTHY_SHEEP      MASFRLLLLCLAGLVFVSEASP---AGAGESKCPLMVKVLDAVRGSPAANVGVKVFKKAA 57
TTHY_BOVIN      MASFRLFLLCLAGLVFVSEAGS---VGAGEPKCPLMVKVLDAVRGSPAANVGVKVFKKAA 57
TTHY_PIG        MASYRLLLLCLAGLVFVSEAGP---AGAGESKCPLMVKVLDAVRGSPAVNVGVKVFKKAA 57
TTHY_HUMAN      MASHRLLLLCLAGLVFVSEAGP---TGTGESKCPLMVKVLDAVRGSPAINVAVHVFRKAA 57
TTHY_RABIT      --------------------GP---VGTGDSKCPLMVKVLDAVRGSPAVDVSVHVFKKAA 37
TTHY_RAT        MASLRLFLLCLAGLIFASEAGP---GGAGESKCPLMVKVLDAVRGSPAVDVAVKVFKKTA 57
TTHY_MOUSE      MASLRLFLLCLAGLVFVSEAGP---AGAGESKCPLMVKVLDAVRGSPAVDVAVKVFKKTS 57
TTHY_CHICK      MAFHSTLLVFLAGLVFLSEAAPLVSHGSVDSKCPLMVKVLDAVRGSPAANVAVKVFKKAA 60
TTHY_CROPO      MAFHSMLLVFLAGLVFLTEAAPLVSHGSIDSKCPLMVKVLDAVRGSPAANVAIKVFKKTS 60
TTHY_TILRU      MGSSSLLLVCLAGMVYLTEAAPLVSHGSIDSKCPLMVKVLDAVRGRPATSIAVKVSKMSE 60
TTHY_MACEU      MAFHSLLLLCLAGLAFVSETAA-VHHEGEHSKCPLMVKVLDAVRGRPAVNVDVKVFKKTE 59
TTHY_MACGI      MAFHSLLLLCLAGLAFVSETAA-VHHESEHSKCPLMVKVLDAVRGRPAVNVDVKVFKKTE 59
TTHY_PETBR      MAFHSLLLLCLAGLLFVSEAGP-VAHGGEDSKCPLMVKVLDAVRGRPAVNVDVKVFKKTE 59
TTHY_SMIMA      MAFHSLLLLCLAGLVFLSEAGP-VAHGAEDSKCPLMVKVLDSVRGSPAVNVDVKVFKKTE 59
TTHY_MONDO      MAFHSLLLLGLASLLFVSDAAP-VIHGAEDSKCPLMVKVLDAVRGSPAVNVNVKVFKKSE 59
                                    ..       ..**********:*** ** .: ::* : : 

TTHY_SHEEP      DETWEPFASGKTSDSGELHGLTTEDKFVEGLYKVELDTKSYWKSLGISPFHEYAEVVFTA 117
TTHY_BOVIN      DETWEPFASGKTSESGELHGLTTEDKFVEGLYKVELDTKSYWKSLGISPFHEFAEVVFTA 117
TTHY_PIG        DGTWEPFALGKTSEFGELHGLTTDEKFVEGIYKVELDTKSYWKALGISPFHEYAEVVFTA 117
TTHY_HUMAN      DDTWEPFASGKTSESGELHGLTTEEEFVEGIYKVEIDTKSYWKALGISPFHEHAEVVFTA 117
TTHY_RABIT      DETWEPFASGKTSKTGELHGLTTSEKFVEGVYKVELDTKSYWKALGISPFHEYAEVVFTA 97
TTHY_RAT        DGSWEPFASGKTAESGELHGLTTDEKFTEGVYRVELDTKSYWKALGISPFHEYAEVVFTA 117
TTHY_MOUSE      EGSWEPFASGKTAESGELHGLTTDEKFVEGVYRVELDTKSYWKTLGISPFHEFADVVFTA 117
TTHY_CHICK      DGTWQDFATGKTTEFGEIHELTTEEQFVEGVYRVEFDTSSYWKGLGLSPFHEYADVVFTA 120
TTHY_CROPO      DGDWQEFAAGKTTEFGEVHELTSDEKFVEGIYRVEFDTSSYWKALGLSPFHEYADVVFTA 120
TTHY_TILRU      EGDWKEFANGKTNEFGEIHELTTDEQFVQGLYKVEFDTSSYWKALGVSPFHEYADVVFSA 120
TTHY_MACEU      EQTWELFAAGKTNDNGEIHELTTDDKFGEGLYKVEFDTISYWKALGVSPFHEYADVVFTA 119
TTHY_MACGI      EQTWELFAAGKTNDNGEIHELTTDDKFGEGLYKVEFDTISYWKALGVSPFHEYADVVFTA 119
TTHY_PETBR      KQTWELFASGKTNDNGEIHELTSDDKFGEGLYKVEFDTISYWKALGVSPFHEYADVVFTA 119
TTHY_SMIMA      EQTWELFASGKTNNNGEIHELTSDDQFGEGLYKVEFDTVSYWKTFGISPFHEYADVVFTA 119
TTHY_MONDO      EQTWEPFATGKTNDYGEIHELTNDEKFGEGLYKVEFDTFSYWNALGVSPFHEYADVVFKA 119
                .  *: ** *** . **:* **..::* :*:*:**:** ***: :*:*****.*:***.*

TTHY_SHEEP      NDSGLRHYTIAALLSPYSYSTTALVSSPKE--- 147
TTHY_BOVIN      NDSGPRHYTIAALLSPYSYSTTALVSSPKA--- 147
TTHY_PIG        NDSGRRHYTIAALLSPYSYSTTALVSSPKEGAL 150
TTHY_HUMAN      NDSGPRRYTIAALLSPYSYSTTAVVTNPKE--- 147
TTHY_RABIT      NDSGHRSYTIAALLSPFSYSTTAVVSNPQE--- 127
TTHY_RAT        NDSGHRHYTIAALLSPYSYSTTAVVSNPQN--- 147
TTHY_MOUSE      NDSGHRHYTIAALLSPYSYSTTAVVSNPQN--- 147
TTHY_CHICK      NDSGHRHYTIAALLSPFSYSTTAVVSDPQE--- 150
TTHY_CROPO      NDSGHRHYTIAALLSPFSYSTTAVVSDPQE--- 150
TTHY_TILRU      NDSGHRHYTIAALLSPFSYSTTAVVSDPKE--- 150
TTHY_MACEU      NDAGHRHYTIAALLSPYSFSTTAIVSNPTE--- 149
TTHY_MACGI      NDAGHRHYTIAAQLSPYSFSTTAIVSNPTE--- 149
TTHY_PETBR      NDAGHRHYTIAAQLSPYSFSTTAIVSNPTE--- 149
TTHY_SMIMA      NDAGHRHYTIAAQLSPFSFSTTAVVSNPKD--- 149
TTHY_MONDO      NDAGHRHYTIAALLSPYSYSTTAVVSNPKD--- 149
                **:* * ***** ***:*:****:*:.*

Gergo Kiss 30th March 1999 EMBL/Szeged